Rafała wypiski z prasy

A w tych, ponownie mocno spóźnionych, ale za to dłuższych niż zwykle, wypiskach przeczytacie o tym, jak łatwo jest publikować, jak się już dostało Nobla; o miniaturowym tyranozaurze; o światłem kontrolowanych białkach; o syntetycznych rybosomach (znowu); o tym, co spowodowało (lub nie) epokę lodowcową 13 tysięcy lat temu; o tym, co się stanie, jak zużyjemy cały fosfor (czy coś w tym stylu); a na koniec coś dla lekkoduchów – o tym, dlaczego Wielki Zderzacz Hadronów nigdy nie zadziała (i o bozonów podróżach w czasie)…

1. No więc po pierwsze – i trochę tutaj z zazdrości o tym wspominam, bardziej niż z jakiegokolwiek innego powodu – ledwo pan Ramakrishnan dostał Nobla, a już mu się szykują dwie kolejne prace w Science. Widać po tym, jak dobrym wyborem kariery jest krystalografia – mnóstwo czasu i energii się traci początkowo na znalezienie dobrych warunków krystalizacji (ale zresztą tutaj całą robotę odwaliła pani Yonath), ale jak już się to ma z głowy, to potem idzie z górki, wystarczy zmieniać podstawniki. I tak, Science publikuje dwie prace ze strukturą rybosomu – w jednej rybosom wiąże czynnik elongacji G, w drugiej zaś – czynnik elongacji Tu oraz aminoacylo-tRNA.

„The Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Posttranslocational State”, Yong-Gui Gao, Maria Selmer, Christine M. Dunham, Alex Weixlbaumer, Ann C. Kelley, V. Ramakrishnan, Science (adv. online); DOI: 10.1126/science.1179709 (15 Oct 2009)

„The Crystal Structure of the Ribosome Bound to EF-Tu and Aminoacyl-tRNA”, T. Martin Schmeing, Rebecca M. Voorhees, Ann C. Kelley, Yong-Gui Gao, Frank V. Murphy IV, John R. Weir, V. Ramakrishnan, Science (adv. online); DOI: 10.1126/science.1179700 (15 Oct 2009)

2. Okazuje się, że gadzi moloch, T.Reksiu, wyewoluował z ‚maleństwa’ – zaledwie 3-metrowego Raptorex kriegsteini, odkrytego w północnowschodnich Chinach. Wygląda na to, że te dwa wymarłe gatunki łączy sporo charakterystyk (większości z których aż się boję wymieniać, tak strasznie brzmią te anatomiczne opisy). Badacze z Chin oraz Stanów Zjednoczonych, którzy opisują znalezisko w ostatnim numerze Science, konkludują, że morfotyp tyranozauroidalny (-idowy? czy po prostu tyranozaurów? Pomocy…) – w tym charakterystyczna przerośnięta czacha i karłowate kończyny przednie – wyewoluował dobre 125 milionów lat temu u mniejszych gatunków. Do tej pory wiele teorii opisywało te cechy generalnie jako wynik nie nadążania z rozrostem ciała we wszystkich kierunkach (czyli byłby to mechanizm pasywny). Odkrycie Raptorexa sugeruje, że mechanizm był aktywny, a dziwacznie wyskalowane części ciała były ważne dla strategii przetrwania tego gatunku jako drapieżnika.

„Tyrannosaurid Skeletal Design First Evolved at Small Body Size”, Paul C. Sereno, Lin Tan, Stephen L. Brusatte, Henry J. Kriegstein, Xijin Zhao and Karen Cloward, Science 326(5951): 418-422; DOI: 10.1126/science.1177428 (16 Oct 2009)

3. Grupa z Princeton opublikowała niedawno ciekawe wyniki swojej pracy nad indukowaną dimeryzacją białek. Każdy, kto próbuje badać i charakteryzować oddziaływania między białkami wie, jak męczące mogą to być badania (tzw. pain in the ass). Grupa skonstruowała białka, w których znajdowały się tagi kontrolowane za pomocą światła z zakresu niebieskiego. To wszystko oczywiście pięknie, ale nie oni pierwsi i nie oni ostatni skonstruowali białka z tagami. Naprawdę elegancką częścią eksperymentu było pokazanie, jak za pomocą tych tagów można prosto aktywować pewne procesy komórkowe. Grupa prezentuje kilka przykładów, pokazując jak za pomocą ich metody kontrolować można np. aktywację receptorów, aktywację transkrypcji czy przekaz sygnału w komórce.

„Induction of protein-protein interactions in live cells using light”, Masayuki Yazawa, Amir M Sadaghiani, Brian Hsueh & Ricardo E. Dolmetsch, Nat. Biotech. 27(10): 941-945; DOI: 10.1038/nbt.1569 (Oct 2009)

4. A skoro o rekombinowanych białkach mowa, grupa Christophera Voigta (która nawiasem mówiąc też na dniach opublikowała podobną pracę jak praca Dolmetscha) skonstruowała syntetyczne miejsce aktywne rybosomu. Nowością jest tu metoda, za pomocą której zaprojektowano ten fragment białka – pozwala ona zoptymalizować miejsce aktywne w taki sposób, aby można było bardzo dokładnie kontrolować ekspresję białek (czy ile i jak jest przez komórkę budowane).

„Automated design of synthetic ribosome binding sites to control protein expression”, Howard M. Salis, Ethan A. Mirsky & Christopher A. Voigt, Nat. Biotech. 27(10): 946-50; DOI: 10.1038/nbt.1568 (Oct 2009)

„Spatiotemporal control of cell signalling using a light-switchable protein interaction”, Anselm Levskaya, Orion D. Weiner, Wendell A. Lim  &  Christopher A. Voigt, Nature (adv. online publ.); DOI: 10.1038/nature08446 (13 Sep 2009)

5. Dwa lata temu w PNAS opublikowano obszerną pracę, w której prezentowano dowody na to, że uderzenie w Ziemię asteroidy 13 tysięcy lat temu było przyczyną gwałtowanego oziębienia klimatu i ostatniego okresu masowego wymierania gatunków. Niezależna grupa badaczy postanowiła jednak tę hipotezę wziąć na warsztat. Naukowcy zbadali osady z tego okresu pochodzące z różnych lokalizacji w Stanach Zjednoczonych – w tym dwóch opisanych także  oryginalnej pracy. Nie byli jednak w stanie odtworzyć pierwotnych wyników i uważają, że hipoteza o zderzeniu z obiektem pozaziemskich jest błędna. Autorzy oryginalnej pracy zarzucają im użycie złej techniki do obróbki próbek. Jedno jest pewne, tego, czy ostatnie zlodowacenie wywołało zderzenie z asteroidą czy coś innego, prędko się raczej nie dowiemy…

„Evidence for an extraterrestrial impact 12,900 years ago that contributed to the megafaunal extinctions and the Younger Dryas cooling”, R. B. Fireston, A. West, J. P. Kennett, L. Becker, T. E. Bunch, Z. S. Revay, P. H. Schultz, T. Belgya, D. J. Kennett, J. M. Erlandson, O. J. Dickenson, A. C. Goodyear, R. S. Harris, G. A. Howard, J. B. Kloosterman, P. Lechler, P. A. Mayewski, J. Montgomery, R. Poreda, T. Darrah, S. S. Que Hee, A. R. Smith, A. Stich, W. Topping, J. H. Wittke and W. S. Wolbach, PNAS 104(41): 16016-21; DOI: 10.1073/pnas.0706977104 (27 Sep 2007)

„An independent evaluation of the Younger Dryas extraterrestrial impact hypothesis”, Todd A. Surovell, Vance T. Holliday, Joseph A. M. Gingerich, Caroline Ketron, C. Vance Haynes, Jr, Ilene Hilman, Daniel P. Wagner, Eileen Johnsond and Philippe Claeys, PNAS (adv. online); DOI: 10.1073/pnas.0907857106 (12 Oct 2009)

6. W skrócie – używamy dużo nawozów sztucznych, w szczególności zawierających fosforany. Używamy ich tyle, że szybko wyczerpujemy źródła tych związków. I chociaż daje to wymierne rezultaty w postaci lepszych plonów, stanowić to może w przyszłości duże zagrożenie. Takie wnioski można wyciągnąć z pracy opublikowanej w czerwcu w Science. Niedawno w Nature Natasha Gilbert przyjrzała się tematowi nieco dokładniej, zadając pytanie, czy w przyszłości czeka nas kolejny kryzys – po kryzysach paliwowych i finansowych, przyszła być może pora na kryzys nawozowy…

„Nutrient Imbalances in Agricultural Development”, P. M. Vitousek, R. Naylor, T. Crews, M. B. David, L. E. Drinkwater, E. Holland, P. J. Johnes, J. Katzenberger, L. A. Martinelli, P. A. Matson, G. Nziguheba, D. Ojima, C. A. Palm, G. P. Robertson, P. A. Sanchez, A. R. Townsend, F. S. Zhang, Science 324(5934): 1519-20; DOI: 10.1126/science.1170261 (19 Jun 2009)

„Environment: The disappearing nutrient”, Natasha Gilbert, Nature 461: 716-8; DOI: 10.1038/461716a (7 Oct 2009)

7. Dwóch poza tym całkiem rozgarniętych gości, Holger Bech Nielsen oraz Masao Ninomiya, zaczęło kilkanaście miesięcy temu szerzyć teorię o przeklętym Zderzaczu. Otóż twierdzą oni, że na LHC ciąży klątwa, która jest przyczyną wszystkich awarii i opóźnień. Ich zdaniem jest to wynik kosmicznego sprzężenia zwrotnego – wygenerowanie (w przyszłości!) bozonu Higgsa, które od dawna wyczekiwane ma mieć miejsce właśnie w LHC, jest tak niebezpieczne, że spowoduje podróż sił ponadnaturalnych w czasie wstecz do momentu tworzenia LHC, aby mu uniemożliwić stworzenie ‚boskiej cząstki’. Fantastyka? Nie, panowie na ten temat wypowiadają się całkiem serio! I mają na to naukowe wytłumaczenie. O całej historii możecie poczytać na stronie New York Timesa, a prace Nielsena i Ninomiyi znaleźć można na arXiv.org…

Artykuł w The New York Times

Add to FacebookAdd to DiggAdd to Del.icio.usAdd to StumbleuponAdd to RedditAdd to BlinklistAdd to TwitterAdd to TechnoratiAdd to FurlAdd to Newsvine

Advertisements

3 Comments

  1. Hipoteza Nielsena i Ninomiyi ma to do siebie, że nijak nie da się jej zweryfikować. Jedyny sposób, to uruchomić LHC i wyprodukować tego cholernego Higgsa, ale wtedy koniec świata, sprzężenie zwrotne i jesteśmy w punkcie wyjścia, czyli dzisiaj… I kto o tym będzie ‚wiedział’ (poza bozonem oczywiście, lol)? To jest fajne science-fiction, ale – jak wiele innych teorii – ma w sobie tyle fiction, że przesłania to prawie całkiem science.

    Lubię

  2. Nie ma problemu jeżeli chodzi o komentarz :)
    Zaintrygowała mnie sprawa z LHC. Swego czasu omawiałem jego działanie i budowę w podcaście. Sprawa jest interesująca, aczkolwiek nie sądzę, żeby istniało fatum. Raczej przychyliłbym się do tego, że jest to wyjaśnienie nieudolności „techników”. Jak będzie dalej z projektem… czas pokaże. Wiadomo, że to ogromne koszty, więc powinien ruszyć :)

    Lubię

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s