Kryształkiem w wirusa

Wspólnym wysiłkiem badaczy z Imperial College w Londynie oraz z Uniwersytetu Harvarda tydzień temu ujrzała światło dzienne rozwiązana struktura krystaliczna integrazy – enzymu leżącego w epicentrum wielu obecnych terapii przeciw wirusowi HIV.

struktura integrazy
Struktura integrazy/ Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature (adv. publ. online); DOI: 10.1038/nature08784, ©2010

Integraza to enzym wirusa HIV, który łączy się z liniowym fragmentem DNA wirusa, a następnie wkleja go w chromosomy komórek gospodarza.  Wiele obecnych terapii zwalczających wirusa HIV opiera swe działanie na związkach wiążących się z integrazą i hamujących jej działanie. Nie była jednak do tej pory znana dokładna struktra tego enzymu, a co za tym idzie takze mechanizm działania tych leków pozostawał zagadką.

Dzięki wynikom opublikowanym 31 stycznia w piśmie Nature, możliwe będzie nie tylko zrozumienie tego mechanizmu, ale także prawdopodobnie projektowanie nowych, lepszych leków przeciwko HIV.

Jednym z najtrudniejszych (o ile nie najtrudniejszym) wyzwań w tego typu eksparymentach jest uzyskanie kryształów białka, które dadzą przejrzysty i czytelny sygnał, umożliwiający rozwiązanie struktury. Nie jest to jednak trywialne – cząsteczki białka to nie chlorek sodu w solniczce. Każda cząsteczka białka zawiera tysiące atomów, a rozwiązanie struktury oznacza dokładne określenie współrzędnych dla każdego z nich1.

Oczywiście podejmowano wcześniej próby krystalizacji integrazy, i to zarówno samego białka, jak i w kompleksach z różnymi małymi cząsteczkami. Do tej pory jednak bezskutcznie.

Grupa Petera Cherepanova, wraz z kolegami ze Stanów, podeszła do problemu z innej strony. Udało im się mianowicie uzyskać kryształy integrazy pochodzącej z innego retrowirusa – PFV (Prototype Foam Virus), o której wiedzieli, że jest niezwykle podobna do integrazy wirusa HIV. Po czterech latach i 40000 prób krystalizacji, z których powiodło się jedynie siedem, udało im się uzyskać zaledwie jeden kryształ zdatny do dalszych badań.

I to właśnie ten jeden, jedyny kryształek integrazy pozwolił rozwiązać strukturę enzymu, ujawniając przy okazji, że różni się ona od do tej pory zakładanej…

„Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer”, Stephen Hare, Saumya Shree Gupta, Eugene Valkov, Alan Engelman & Peter Cherepanov, Nature (adv. publ. online); DOI: 10.1038/nature08784 (31 Jan 2010)

1Warto jednak podkreślić, że sam pomiar dyfraktometryczny jest dość szybki – jeśli kryształy białka są dobrej jakości, to strukturę rozwiązać można w tydzień.
Add to FacebookAdd to DiggAdd to Del.icio.usAdd to StumbleuponAdd to RedditAdd to BlinklistAdd to TwitterAdd to TechnoratiAdd to FurlAdd to Newsvine
Advertisements

5 Comments

  1. Pozwalam sobie poinformować, że nominowałam Twój blog do Kreativ Blogger Award (jest to nagroda łańcuszkowa, ale tworzy sieć ciekawych blogów). Regulamin polega na tym, że umieszczasz logo nagrody w notce i proponujesz następne maksymalnie trzy blogi, których autorów powiadamiasz w komentarzu lub osobiście :)

    Lubię to

    1. Hej drakaino ;) Dzięki wielkie – dziękuję za dostrzeżenie w odmętach internetu. Ja sobie pozwolę jednak wstrzymać się z podawaniem dalej – nie dlatego, że pomysł mi się nie podoba (chociaż jak na łańcuszek jest bardzo zacny), ale z innej prostej przyczyny – nie wiedziałbym, jak wybrać trzy interesujące blogi! Ba, nie umiałbym wskazać nawet jednego. Znowu: nie dlatego, że nie ma, ale właśnie dlatego, że jest nadmiar…

      Lubię to

    1. Tak generalnej negacji na zasadzie – widziałeś kiedyś takiego wirusa? Zwykle odpowiadam, że w takim razie witaminy też nie istnieją :) Denialistów HIV-owych spotykam czasami na Wykopie lub stronach promujących niewiedzę. Prezentują szerokie spektrum negacji, ale ten przykład podany w pierwszym komentarzu jest chyba najzabawniejszy.

      Lubię to

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s