Liczby, które każdy biolog (nie tylko molekularny) powinien znać

Czy zdarzyło się Wam być na przyjęciu, na którym ktoś z łatwością szafuje liczbami dotyczącymi na przykład wielkości komórek, ilości genów w różnych organizmach, czasami cykli komórkowych i tym podobnymi, niemal bez wysiłku sięgając po coraz to nowe porównania? Nie?

Wyimek z pi/ za flickr.com; Koen Vereeken (CC by-nc-nd 2.0) ©2010

Mnie też nie. Na przyjęciach w końcu nie dyskutuje się o rozmiarach genomów, a co najwyżej o ostatnich plotkach ze świata mediów, showbiznesu lub polityki. W najlepszym razie, w bardziej intelektualnym towarzystwie znajdzie się ktoś, kto spróbuje typować kolejnego Nobla z tego czy tamtego.

Niemniej na spotkaniach bardziej merytorycznych już mi się zdarzało widywać takich cwaniaków…

Tak więc rozmiary genomów to dla E. coli 5 milionów par zasad (5 Mbp), dla drożdży – 12 Mbp, dla myszy – 2.5 mililarda par zasad (2,5 Gbp), dla ludzi – 2.9 Gbp, zaś dla pszenicy – 16 Gbp.

Genów kodujących białka ma E. coli 4000, drożdże – 6000, a ludzie około 20000.

Jądro komórkowe stanowi około 10% rozmiaru komórki. Grubość błon to około 4 do 10 nm. Średnia średnica białka (przy hojnym założeniu, że białka są globularne) to 3 do 6 nm. Dla porównania – średnica cząsteczki wody to 0.3 nm.

To takie podstawy. Chcielibyście jednak zaszpanować czymś bardziej detalicznym i niespotykanym?

Stosunek ilościowy RNA do DNA w drożdżach piekarskich? – 50.

Ilość proliny w białkach E. coli? – 4.1%.

Największe ludzkie białko? – Tytyna, mierząca 33 423 aminokwasy.

Stosunek liczby komórek bakteryjnych w ludzkim ciele, do komórek własnych? – 10.

Największy znany genom? – Amoeba dubia, o genomie długości blisko 700 milardów par zasad.

Średnia liczba komórek skóry? – 100 miliardów.

Średnia liczba wszystkich komórek ciała? – 10 bilionów.

I tak dalej, i tym podobne. Nieograniczoną niemal skarbnicą wiedzy wszelakiej dotyczącej ważnych liczb biologicznych jest strona założona i prowadzona przez Rona Milo z Instytutu Weizmanna w Izraelu, przy współpracy z kilkoma kolegami z Harvardu.

Ron Milo nie tylko gromadzi te wszystkie liczby w jednej bazie. Dokładnie jeszcze dokumentuje skąd się wzięły, pomagając w ten sposób rzeszom badaczy uniknąć żmudnego przeszukiwania literatury, żeby znaleźć tę jedną pracę, w której liczbę po raz pierwszy podano, i z której następnie pokolenia badaczy ją cytowały.

Chcecie więcej? Zajrzyjcie na www.bionumbers.org.

12 Comments

  1. Strona z informacjami całkiem ciekawa…
    Muszę jednak odnieść się do fragmentu o spotkaniach towarzyskich i tematach na nich poruszanych, bo się nie zgadzam z Twoją tezą :)
    Po za polityką, sportem (fuj), plotkami ze świata mediów i showbiznesu (też fuj) można poruszyć jeszcze wiele innych tematów, w tym jak najbardziej naukowych. Dla przykładu ostatnio u znajomych w Łodzi na imprezie domowej w kilka osób próbowaliśmy na podstawie szczątkowych danych policzyć ile ma najwyższe wzniesienie na Marsie :)
    Innym razem na jakieś imprezie wyjazdowej większość ekipy rozważała, który efekt najbardziej wpływa na to, że puszczenie tzw. gazów w łazience jest bardziej dotkliwe dla naszego zmysłu powonienia, niż poza łazienką :P
    A to takie pierwsze przykłady z brzegu…

    Lubię

    1. Oj, no już dobrze, takie uogólnienie to było :P

      A najwyższe wzniesienie na Marsie – Olympus Mons – ma blisko 30 km wysokości. Zastanawia mnie tylko, jak chcieliście to policzyć ;)

      Lubię

      1. Ktoś znał czas swobodnego spadku z tej góry, ktoś inny pamiętał ile razy Mars jest mniejszy (obwód) od Ziemi i to wystarczyło (przy założeniu podobnej gęstości). Oczywiście jeszcze na podstawie składu atmosfery rozważaliśmy jej gęstość i jej możliwy wpływ na ten spadek. :)

        Lubię

  2. Patrząc na dane z BioNumbers:
    Objętość komorki czlowieka: średnio 2000 um^3
    Objętość komorki bakterii: średnio 2 um^3
    Komórka człowieka jest 1000x cięższa niż komórka bakterii. Ale komorek bakterii jest 10* więcej niż ludzkich, więc stosunek masy będzie taki: Komórki człowieka razem ważą 100x więcej niż komórki bakterii. Faktycznie, zgadza się. :-)

    Lubię

    1. Ano tak, że komórki np. ssaków mają od 100-10000 um3 objętości, a komórki bakteryjne najwyżej 0.5-5um3. Jeśli więc przyjąć objętość jako zgrubny odpowiednik masy, to widać, skąd się te różnice biorą…

      Lubię

    1. Owszem. Tak, jak podałem trochę poniżej – ilość, tfu, liczba komórek w naszym ciele to około 10 bilionów (1013). Liczba różnego rodzaju komórek bakteryjnych, jednokomórkowych pierwotniaków itp. sięgać może nawet 100 bilionów (1014).

      Za: Annu Rev Microbiol. 1977; 31:107-33.
      „Microbial ecology of the gastrointestinal tract.”

      Służę pracą, gdyby ktoś chciał, ale nie ma chyba potrzeby – ta informacja zawarta jest dosłownie w dwóch pierwszych zdaniach.

      Jest to jednak, nie ukrywam, fascynujące. Większość z tego to flora bakteryjna naszego układu pokarmowego. Żeby jeszcze zabrzmieć bardziej jak smartass, dorzucę, że jest to liczba porównywalna z liczbą gwiazd w naszej galaktyce…

      Lubię

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s