Białe winko na tapecie

źródło: flickr; Caneles (CC BY-NC-SA 2.0) ©2008

ResearchBlogging.org

źródło: flickr; Caneles (CC BY-NC-SA 2.0) ©2008

Swego czasu opisywałem pracę grupy Piera Giorgio Righettiego, w której to włoscy badacze opisywali proteom piwa. O tym, czymże jest proteom, już tutaj było (i niedługo jeszcze pewnie trochę będzie). O tym, że piwny proteom może być interesujący, a w najgorszym wypadku i tak przykuje uwagę mediów, no bo wiadomo, w końcu naukowcy dowiedli, że w piwie jest piwo, więc musi się nagłówek jakiś pojawić; o tym już mówiłem kiedyś. Nie będę tu śmiecił pingami, ale dodam, że odnośnik jest w przewodniku proteomicznym w miniseriach.

A teraz bardziej do rzeczy. Jak się można było w zasadzie spodziewać, skoro piwo na tapecie już było, to musiał się prędzej czy później pojawić jakiś inny alkohol. Czy grupa Righettiego bada coś jeszcze poza alkoholami – tego nie wiem. Ale i tak, jakby się skupiali tylko na chlańsku, to i tak im starczy tematów na najbliższe kilkanaście, kilkadziesiąt lat. Póki co zwrócili się do kolejnego oczywistego kandydata – i zaledwie kika tygodni temu opublikowali w Journal of Proteome Research pracę poświęconą proteomom win białych z klasy/gatunku/czy jak to się tam zwie Recioto

No i nie chcę zanudzać specjalnie, kto się przekopał albo przez jedną albo przez drugą pracę, albo nawet odrobinę tylko przez mój poprzedni wpis, to o metodologii będzie miał prawdopodobnie wystarczające pojęcie: Włosi zastosowali kit firmy Bio-Rad (powinni mi chyba zapłacić za ten product placement po raz drugi już!) – ProteoMiner – do oczyszczenia wina z białek. Czy też białek z wina. Białka potem poddano magicznie brzmiącej, acz bardzo standardowej procedurze w labie molbiologicznym: SDS-PAGE – trawienie – nanoLC – tandemowa spektrometria masowa. A na koniec szczypta wyszukiwania w bazach danych.

Diagram Venna z pracy. Poddaję się, nie ma nawet sensu tłumaczyć, co też pokazuje.../ Za zgodą ACS: D'Amato et al., J. Proteome Res. (asap; 27 Jun 2011) ©2011

No i tutaj muszę wrzucić ilustrację z pracy, bo to musi być chyba pierwsza publikacja z tej działki, jaką czytałem, która zawiera diagram Venna! Diagram ilustruje zawartość białek winogronowych w różnych frakcjach z wina, uzyskanych w czasie wstępnego oczyszczania próbki. Generalnie to nie jestem pewien, jaki jest cel tego diagramu tutaj dokładnie poza tym, żeby wszystkim przyłożyć solidnie po oczach (kolory są oryginalne!).

Po diagramie Venna następuje jednak ta ważna część pracy – pięć bitych stron z listą zidentyfikowanych białek. Wnioski badaczy zaś są następujące. Po pierwsze, stwierdzają Włosi, aby dogłębnie i dokładnie przebadać proteom wina nie wystarczy przeanalizować supernatant – należy też poddać analizie osad z dna butelki, czyli wszystkie pływające w winie paprochy. Te bowiem mogą zawierać aż 50% (gatunkowo) wszystkich białek zawartych w winie. A jeśli chcemy tej wiedzy do czegoś potem użyć, to nie badając osadu wyrzucalibyśmy do śmieci połowę informacji zawartej w butelce. Badacze też wychwalają pod niebiosa zastosowaną przez siebie metodologię (ProteoMinera przede wszystkim), porównując wyniki do innych prac o podobnej tematyce, które najwyraźniej nie osiągnęły tak nieziemskich rezultatów, jak pięciostronnicowa lista białek.

Z tym, że nie wiem, czy wspominałem o tym poprzednio, ale zdaje się, że ten kit został opracowany w labie pana Rhigettiego, więc to taka trochę kryptoreklama. Nie jestem pewien, czy w takich przypadkach powinno się ujawniać konflikt interesów, czy też nie ma potrzeby, ale ja mam lekki niesmak (i nie z powodu skwaśniałego wina bynajmniej!).

Pod koniec pracy autorzy rzucają też sugestię – ale podkreślając, że jest to tylko sugestia i że jakiekolwiek próby wdrożenia tego pomysłu w życie wymagałyby mnóstwo pracy – rzucają mianowicie sugestię, że dzięki temu dość dokładnemu przebadaniu proteomu wina być może dałoby się uzyskać proteomiczny podpis: skład jakościowy i ilościowy białek w danych rodzaju, a może nawet roczniku wina. Gdyby to się stało możliwe, wówczas ta technologia mogłaby zostać zastosowana do weryfikacji win.

Podejrzewam jednak, że klasyczni winiarze wciąż będą woleli zdać się na smak enologów, sommelierów czy innych takich…

D’Amato, A., Fasoli, E., Kravchuk, A., & Righetti, P. (2011). Mehercules, adhuc Bacchus! The Debate on Wine Proteomics Continues Journal of Proteome Research DOI: 10.1021/pr200266w

7 Comments

  1. Ja wiem czy niepoważne? Dla mnie osobiście wszystko co prowadzi do szeroko pojętego rozwoju i ma wyraźną możliwość aplikacji jest poważne! W tym wypadku właśnie zastosowanie jest dla mnie jasne i Ty też je zauważasz… Bardziej przekonuje mnie publikacja o składnikach piwa i możliwości kontroli jakości, starzenia, wpływie nowych receptur na istotne parametry itd. niż 528 publikacja o „wibracjach czegoś tam gdzieś tam” – sam wiesz o czym mówię…

    PS. Czy nie da się napisać u Ciebie odpowiedzi do odpowiedzi – czy ja nie widzę takiej opcji?

    Lubię

    1. Jeśli odpowiesz na swój własny post (poprzedni) to odpowiedź pojawi się pod moją. Blog ma tylko dwupoziomowe zakorzenianie komentarzy. Przełączę na cztero-, ale poniżej komentarze robią się nieco za wąskie ;P

      Co do pracy – zgadzam się całkowicie; nie miałem na myśli niepoważne w sensie, że bezużyteczne. W każdym razie pozostaje dalej popychać szefów, żeby zechcieli na temat rzucić okiem – czy to piwa, czy to czego innego.

      Lubię

      1. OK – opcję z odpowiadaniem samemu sobie widziałem :)

        Co do niepoważności, to chodziło Ci zapewne o „zbyt mało poważne, doniosłe, naukowe itd.”. Tak mi się przypomniało, jak kiedyś usłyszałem – „praca bardzo dobra i będzie z niej dużo korzyści ale wydaje się być zbyt mało naukowa” :)

        Co do popychania szefa, to ja teraz jestem sam sobie sterem, żeglarzem i okrętem, więc może też tego typu pracą się kiedyś zajmę…

        Lubię

  2. Ciekawa praca! Swego czasu proponowałem na UJ analizowanie piwa pod kątem interesujących i charakterystycznych składników ale zostałem wyśmiany… Jak widać jednak można i nawet zacne publikacje powstają z takich badań…
    PS. Diagram jest bombowy :)

    Lubię

    1. Bo takie badania są trochę niepoważne – ale tylko jeśli się założy, że nauka musi być zawsze śmiertelnie poważna. Poza tym jestem pewien, że przemysł piwny, winiarski i pokrewne mogłyby być zainteresowane wynikami. Nawet jeśli nie polskie firmy, to duże koncerny – wcale bym się nie zdziwił. Ale u nas brak świadomości w tej kwestii. Jeśli z badań nie da się wycisnąć publikacji, która każdego czytelnika uśpi zanim dotrze do końca tytułu, to znaczy, że badania do niczego się nie nadają.

      A wystarczy spojrzeć właśnie na prace Righettiego (który, nomen omen, poważnym badaczem jest). Albo, z kategorii publikacji o alkoholach, na pracę o tym, że zachowanie piany w piwie podlega prawu rozpadu naturalnego

      Lubię

  3. ja wiem, wiem, to straszne czepialstwo będzie, ale diagram Venna, a nie diagram Venn, bo ten diagram to od nazwiska Johna Venna /chociaż może w tym przypadku można by go nazwać diagramem Wina?;)/

    Lubię

    1. Też wolę diagram Wina :)

      A naprawdę to nie wiem, po kiego grzyba ten diagram w ogóle się w tej pracy znalazł. No i, skoro już się znalazł, kto dobierał te kolory!

      Lubię

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s