Badania badaniom nierówne – tylko czemu?

Czy świnia naprawdę ciekawsza jest od wielbłąda? Jeśli pływa i nurkuje dla przyjemności, jak donosi niemiecka agencja prasowa dpa, to może jednak...

ResearchBlogging.org

Zaledwie wczoraj pisałem o opublikowanej we wtorek pracy opisującej genom wielbłąda dwugarbnego. Tymczasem wczoraj pismo Nature dla odmiany donosi o opisaniu przez inną grupę genomu świni. Genom świni oczywiście przeciekawy jest, ale nie o nim dzisiaj chciałem.

Dzisiaj chciałem słów kilka powiedzieć i pytań kilka postawić na temat tego, dlaczego genom świni publikowany jest w prestiżowym Nature, a genom wielbłąda w nieco jednak mniej prestiżowym Nature Communications? Wydawać się oczywiście może, że problem jest błahy, a pytanie durne. Nic jednak bardziej mylnego. W dzisiejszych czasach, w dobie ocen parametrycznych, indeksów Hirscha, impact factorów i innych takich, to, w jak bardzo prestiżowym piśmie opublikowana jest praca, może mieć dramatyczne znaczenie dla badacza.

Co zatem powoduje, że redaktorzy Nature decydują się opublikować jeden genom, a inny zsyłają do swojej nieco gorszej siostry, Nature Communications? Pytanie jest, powtórzę, na wagę złota – bo odpowiedź będzie bezcenną wskazówką dla autorów usilnie próbujących na łamy tego pierwszego pisma się dostać. Jaka zatem jest między pracami różnica?

Czy świnia naprawdę ciekawsza jest od wielbłąda? Jeśli pływa i nurkuje dla przyjemności, jak donosi niemiecka agencja prasowa dpa, to może jednak…

Po pierwsze, opisują one oczywiście genomy różnych organizmów. Tutaj jednak należy szybko dodać, że są to zwierzęta porównywalne w sensie skomplikowania genomu. I świnia, i wielbłąd są ssakami. Ani świnia, ani wielbłąd nie miały genomu zsekwencjonowanego wcześniej. I o świni i o wielbłądzie sporo jest ciekawego do powiedzenia. To więc raczej nie jest przyczyną.

Po drugie, możliwe że jakość otrzymanych genomów – ich dokładność, to na ile precyzyjnie podają zapis sekwencji DNA co do litery – może być różna. Szybki rzut oka na statystyki podane w pracach, których tutaj oszczędzę (zwłaszcza że Genomowe Zatrzęsienie jest jeszcze w powijakach i tak daleko z wyjaśnianiem problemu jeszcze nie zaszedłem), ujawnia nam prostą prawdę: jakość genomów jest porównywalna. Żaden z nich nie jest fatalny, oba z pewnością mogą być lepsze – to zresztą dotyczy się niemal każdej publikacji opisującej nowy genom, bo w końcu zawsze można zebrać więcej danych i pozyskać dokładniejszy obraz.

Po trzecie, możliwe, że sposób w jaki genom był składany w całość – czy poprzez porównanie z genomem referencyjnym lub genomem bliskiego krewnego, czy też de novo, całkiem od podstaw i bez żadnych ułatwiających zadanie porównań – mógł mieć wpływ na decyzję zespołu redakcyjnego. Okazuje się, że jednak nie, gdyż zarówno prosiaczy jak i wielbłądzi genom skonstruowane zostały de novo.

Po czwarte, analizy genomu mogły być w jednym czy drugim przypadku bardziej szczegółowe. Tutaj jednak istnieje pewien standardowy zestaw analiz, które wykonuje się w takich pracach i obie publikacje taki zestawik mają – jedna czy dwie dodatkowe analizy raczej diametralnie impaktu pracy nie zmienią.

Po piąte, praca może posiadać tzw. badania funkcjonalne. To znaczy, że po opisaniu genomu i jego analizie badacze odkrywają jakiś ciekawy gen odpowiedzialny na przykład za to, że toksyczne południowoamerykańskie żaby produkują truciznę, która wydzielana jest przez skórę. Badanie funkcjonalne mogłoby polegać na próbie wyłączenia tych genów u żab i sprawdzenia, czy dalej produkują one truciznę czy też nie. Dodać tutaj muszę, że badania funkcjonalne w publikacjach opisujących genomy to ogromna rzadkość. Nawet w publikacjach w Nature zdarzają się od święta, co zresztą jest sporym zawodem, gdyż od pisma, które nazywa się prestiżowym, oczekiwać powinniśmy znacznie wyższego poziomu. Pomińmy jednak tę dygresję i wróćmy do świni i wielbłąda – otóż żadna z tych prac nie opisuje badań funkcjonalnych, więc nie był to czynnik dywersyfikujący.

Po szóste, zwierzak, którego genom jest opisywany, może mieć po prostu olbrzymie znaczenie. Medyczne. Ekologiczne. Ewolucyjne. Świnia jest tu zwierzęciem o tyle ciekawym, że często stosowana jest jako zwierzę modelowe do badań biomedycznych, więc z całą pewnością można powiedzieć, że jest jej genom tematem o wielkim znaczeniu. Tego samego w kontekście badań biomedycznych nie można powiedzieć o wielbłądzie. Jednak wielbłąd z kolei wykazuje masę nietypowych adaptacji do ciężkich warunków środowiskowych – a takie aspekty opisywanych organizmów zawsze przykuwają uwagę. Chociaż więc nikt raczej nie opracuje cudownego leku badając wielbłąda (chociaż kto wie – wciąż nieobalony jest ten mit wielbłądziego mleka jako leku na cukrzycę), to jednak wydaje mi się, że jest on zwierzęciem na tyle ciekawym, że redaktorzy Nature  nie wzgardziliby pracą opisującą jego genom.

Co nam zostaje na koniec? Czynniki pozamerytoryczne, takie jak na przykład reputacja autorów. Praca dotycząca świni napisana została przez wielonarodowe konsorcjum, w skład którego wchodzili badacze z co najmniej trzech kontynentów. Chociaż osobiście nie rozpoznałem żadnego nazwiska (co nie jest w końcu żadnym wyznacznikiem), to są na liście badacze z takich słynnych ośrodków zajmujących się badaniami genomicznymi jak Instytut Sangera Fundacji Wellcome w Cambridge, INRA we Francji, BGI Shenzen w Chinach, kilka instytucji amerykańskich i koreańskich, i wiele innych. Z drugiej zaś strony mamy grupę chińsko-mongolską, z tym że z chińskich instytucji mniej znanych niż BGI, a o mongolskich już nawet nie wspominam. No i nie mogę oprzeć się wrażeniu, że to mogło koniec końców zadecydować – fakt, że na liście autorów pracy o wielbłądzie nie ma żadnej naukowej sławy.

Chciałbym się bardzo w tej kwestii mylić. Mam nadzieję, że się mylę. Przyczyn w końcu może być wiele, poczynając od tak prozaicznej jak ta, że prace oryginalnie przypisane były różnym redaktorom, których opinie co do tego, co powinno a co nie być publikowane w Nature, znacząco się różnią. Poprzez to, że znaczenie świni dla ludzkiego dobrobytu jest jednak większe niż wielbłąda. Być może też, na przykład, ktoś już wcześniej zsekwencjonował wielbłąda jednogarbnego (chociaż pobieżne przeszukanie pubmedu nie wskazuje oczywistych winowajców). Wreszcie też praca o świni mogła być po prostu lepsza – z lepszej jakości danymi, lepiej opisanymi i przeanalizowanymi. Z lepszą dyskusją i lepszym pomysłem na to, jak ma wyglądać całość.

Ale jednak niesmak – spowodowany być może tym niefortunnym opublikowaniem obu, jakże podobnych, prac w odstępie kilku dni – wciąż pozostaje.

Jirimutu,, Wang, Z., Ding, G., Chen, G., Sun, Y., Sun, Z., Zhang, H., Wang, L., Hasi, S., Zhang, Y., Li, J., Shi, Y., Xu, Z., He, C., Yu, S., Li, S., Zhang, W., Batmunkh, M., Ts, B., Narenbatu,, Unierhu,, Bat-Ireedui, S., Gao, H., Baysgalan, B., Li, Q., Jia, Z., Turigenbayila,, Subudenggerile,, Narenmanduhu,, Wang, Z., Wang, J., Pan, L., Chen, Y., Ganerdene, Y., Dabxilt,, Erdemt,, Altansha,, Altansukh,, Liu, T., Cao, M., Aruuntsever,, Bayart,, Hosblig,, He, F., Zha-ti, A., Zheng, G., Qiu, F., Sun, Z., Zhao, L., Zhao, W., Liu, B., Li, C., Chen, Y., Tang, X., Guo, C., Liu, W., Ming, L., Temuulen,, Cui, A., Li, Y., Gao, J., Li, J., Wurentaodi,, Niu, S., Sun, T., Zhai, Z., Zhang, M., Chen, C., Baldan, T., Bayaer, T., Li, Y., & Meng, H. (2012). Genome sequences of wild and domestic bactrian camels Nature Communications, 3 DOI: 10.1038/ncomms2192

Groenen, M., Archibald, A., Uenishi, H., Tuggle, C., Takeuchi, Y., Rothschild, M., Rogel-Gaillard, C., Park, C., Milan, D., Megens, H., Li, S., Larkin, D., Kim, H., Frantz, L., Caccamo, M., Ahn, H., Aken, B., Anselmo, A., Anthon, C., Auvil, L., Badaoui, B., Beattie, C., Bendixen, C., Berman, D., Blecha, F., Blomberg, J., Bolund, L., Bosse, M., Botti, S., Bujie, Z., Bystrom, M., Capitanu, B., Carvalho-Silva, D., Chardon, P., Chen, C., Cheng, R., Choi, S., Chow, W., Clark, R., Clee, C., Crooijmans, R., Dawson, H., Dehais, P., De Sapio, F., Dibbits, B., Drou, N., Du, Z., Eversole, K., Fadista, J., Fairley, S., Faraut, T., Faulkner, G., Fowler, K., Fredholm, M., Fritz, E., Gilbert, J., Giuffra, E., Gorodkin, J., Griffin, D., Harrow, J., Hayward, A., Howe, K., Hu, Z., Humphray, S., Hunt, T., Hornshøj, H., Jeon, J., Jern, P., Jones, M., Jurka, J., Kanamori, H., Kapetanovic, R., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, T., Larson, G., Lee, K., Lee, K., Leggett, R., Lewin, H., Li, Y., Liu, W., Loveland, J., Lu, Y., Lunney, J., Ma, J., Madsen, O., Mann, K., Matthews, L., McLaren, S., Morozumi, T., Murtaugh, M., Narayan, J., Truong Nguyen, D., Ni, P., Oh, S., Onteru, S., Panitz, F., Park, E., Park, H., Pascal, G., Paudel, Y., Perez-Enciso, M., Ramirez-Gonzalez, R., Reecy, J., Rodriguez-Zas, S., Rohrer, G., Rund, L., Sang, Y., Schachtschneider, K., Schraiber, J., Schwartz, J., Scobie, L., Scott, C., Searle, S., Servin, B., Southey, B., Sperber, G., Stadler, P., Sweedler, J., Tafer, H., Thomsen, B., Wali, R., Wang, J., Wang, J., White, S., Xu, X., Yerle, M., Zhang, G., Zhang, J., Zhang, J., Zhao, S., Rogers, J., Churcher, C., & Schook, L. (2012). Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution Nature, 491 (7424), 393-398 DOI: 10.1038/nature11622

7 Comments

    1. Nie ma. Chociaż to się może zmienić w nieodległej przyszłości. Ale zasadniczo w genetyce – zwłaszcza w pracach tego typu, które prowadzone są przez duże konsorcja (z przyczyn czysto technicznych, wiele z doświadczeń naprawdę wymaga sporo nakładu roboczogodzin), autorów jest kilkudziesięciu albo i więcej. W biologii to wciąż nie jest tak problematyczne, jak w fizyce cząstek elementarnych. Tam zdarzają się prace, gdzie dziesięciostronnicowa publikacja ma siedem stron nazwisk (jestem przekonany, że to jest ciut więcej niż 130 ;)).

      Jednak wielu naukowców teraz coraz częściej mówi właśnie o tym, że to powinno zostać zmienione – że na publikacji powinno być zaznaczone, kto miał jaki wkład w pracę, że nie powinno na niej być autorów „honorowych” (na zasadzie dodam X-a bo jest dyrektorem instytutu, a do tego jest sławny, mimo że pracę po raz pierwszy zobaczy, jak będzie w druku), że po prostu autorami powinny być tylko i wyłącznie osoby, które miały znaczący wkład w jej przygotowanie (czyli sorry, ale magistrant, który komuś raz czy drugi umył probówki też już miejsca na tej liście nie znajdzie).

      Lubię

      1. Zagadnienie liczby współautorów jest bardzo ciekawe – szczególnie jak się porówna to z tym, jak jest to praktykowane w humanistyce. Niedawno napisałem jeden tekst współautorski (rzeczywiście razem pracowaliśmy wiele miesięcy na wspólnych spotkaniach, razem go pisaliśmy, dyskutowaliśmy każde zdanie, każdy termin). Jednak i tak słyszałem już kilka razy, że… humanista nie może tworzyć „współautorsko”.

        Lubię

        1. Czy jest szansa, że wynika to z całkowitego niezrozumienia tego, że publikacja humanistyczna to nie to samo, co powieść lub tomik poezji? Tak bym podejrzewał, bo nie widzę innego wytłumaczenia (tzn. jest jeszcze ignorancja, ale chciałbym jednak ludziom wydającym takie osądy dać pewien kredyt zaufania).

          Lubię

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s