Świat biologii otwiera się na preprinty

Magazyn Science ogłosił właśnie po raz kolejny swój wybór na Przełom Roku. O Przełomie 2017 może innym razem. Dzisiaj chciałem jednak zwrócić uwagę na ciekawostkę – wśród 9 wydarzeń w świecie nauki w kończącym się roku, które zajęły na liście czasopisma ex aequo drugie miejsce, znalazło się jedno mające mniej wspólnego z badaniami, a więcej ze sposobem ich komunikacji.

Redaktorzy pisma Science uznali, że nagły wzrost zainteresowania naukowców prowadzących badania w dziedzinach przyrodniczych tak zwanymi preprintami był na tyle znaczący dla nauki, że zasługuje na wyróżnienie. Czym są preprinty?

Czytelnicy pamiętający teksty z tego bloga sprzed kilku lat będą może pamiętać moje liczne wynurzenia na temat tego, w jaki sposób publikuje się wyniki badań naukowych i na temat licznych problemów związanych z tym procesem. Powtórzę jednak w ogólnym zarysie: gdy badacze kończą jakiś projekt badawczy, jednym z ostatnich jego stadiów jest upublicznienie wyników. Następuje to poprzez spisanie wyników w formie pracy naukowej, która następnie wysyłana jest do jednego z licznych czasopism fachowych. W takim piśmie redaktor, który może sam być czynnym badaczem, ale może też być pełnoetatowym redaktorem (tacy redaktorzy najczęściej sami też kiedyś prowadzili badania), wysyła pracę do oceny specjalistom znającym się na dziedzienie, której dotyczy praca. W idealnym świecie ci specjaliści – recenzenci – zwracają redakcji komentarz na temat pracy, który wskazuje na potencjalne niedociągnięcia, które muszą być poprawione (o ile się da). Na podstawie recenzji redaktor decyduje, czy praca może zostać opublikowana, czy może musi zostać odesłana do poprawki. Czasem też recenzenci wykrywają błędy tak poważne, że publikacji pracy całkiem się odmawia. Ten proces recenzji (po ang. peer review) często uznaje się za ostateczną kontrolę jakości prac naukowych, a to, że praca po recenzji zostaje opublikowana, za oznakę najwyższej jakości badania.

Z takim wyidealizowanym system jest jednak wiele problemów – do tego stopnia, że chociaż media wciąż donosząc o nowych odkryciach chętnie podkreślają, że wyniki opisano w pracy w piśmie recenzowanym, to sami badacze coraz częściej i coraz głośniej na ten system narzekają. Osobom naprawdę zainteresowanym tematem recenzji polecam jako wstęp esej, który kiedyś popełniłem dla Biuletynu EBIB, w którym opisałem niektóre z najczęściej krytykowanych aspektów tego procesu. Ten jednak, o którym wówczas wiele nie pisałem, to problemy z przeciąganiem się recenzji w nieskończoność. 

Od złożenia bowiem pracy w piśmie, do jego publikacji nierzadko w zupełnie innym periodyku, potrafi minąć i pół roku – a często znacznie więcej, zaś w ekstremalnych warunkach nawet kilka lat. Po pierwsze, sam proces znalezienia recenzentów z odpowiednim doświadczeniem, którzy sami mają czas, aby recenzji się podjąć, zajmuje bardzo wiele czasu. Praca u recenzentów potrafi leżeć od kilku tygodni do kilku miesięcy – a kiedy ostatecznie recenzenckie raporty spłyną do redakcji, prace nierzadko są odrzucane nie dlatego, że są niepoprawne, ale na podstawie subiektywnej oceny recenzentów dotyczących tego, jak interesujące wydają się im wyniki. Autorzy wówczas najczęściej nie mają szans na powrót do tego samego pisma i próbują swoich sił gdzie indziej.

W 2012 roku Jeff Leek, biostatystyk z Uniwersytetu Johnsa Hopkinsa opisał historię jednej ze swoich prac, którą początkowo próbował opublikować w Science, gdzie pracę złożył w październiku 2010 roku. Praca ostatecznie ukazała się nakładem pisma BMC Bioinformatics w grudniu 2012 – po odrzuceniu z pięciu innych pism, spośród których dwa nie wysłały jej nawet do recenzentów. Takich historii badacze mają pełno – żeby w dzisiejszych czasach być naukowcem, trzeba mieć niezwykle grubą skórę i być odpornym na często nieuzasadnioną, subiektywną krytykę.

Przez te opóźnienia w publikowaniu wyników tracimy wszyscy. Oznacza to bowiem, że czytając w 2017 rewelacyjną publikację, czytamy często o badaniach, które prowadzone były 2-3 lata wcześniej. W wielu dziedzinach kilka lat to jak wieczność. A naukowiec zainspirowany taką pracą i próbujący podjąć się na jej podstawie nowego projektu często może powielać coś, co grupa publikująca te wyniki (lub inni badacze którze widzieli je wcześniej na przykład na konferencji) mogła już zrobić – i być może odkryć, że taki kierunek badawczy jest mało obiecujący. Zanim jednak te wyniki ujrzą światło dzienne – i nasz podekscytowany badacz dowie się, że ten nowy projekt, w który mógł już zainwestować czas, pieniądze, pracę swoją i swoich studentów, nigdy nie miał szans na powodzenie – może minąć kolejnych kilka lat. Lat, w trakcie których ktoś już o tym wiedział – jakiś badacz, który próbował tego samego, jakiś redaktor, który o tych wynikach czytał, jakiś recenzent, który takie wyniki oceniał. I tylko reszta świata musiała czekać.

Zadać można zatem pytanie, dlaczego wyników nie upublicznia się przed procesem recenzji? Dlaczego – zwłaszcza w dobie wszechobecnego internetu – nie mógł Jeff Leek swojej pracy wrzucić na jakiś publiczny serwer i tylko opatrzyć ją nagłówkiem, że nie jest jeszcze zrecenzowana i może ulec zmianie, więc czytać należy na własną odpowiedzialność?

Otóż mógł. Zaś środowisko fizyków robi to już od ponad 20 lat korzystając z internetowego archiwu preprintów – czyli prac „wstępnych”, przed oficjalną publikacją po recenzji – znanego pod nazwą arXiv.

Sama nazwa preprint sugeruje o co chodzi – o to, że praca jest w formie przed „printem”, czyli przed drukiem (oficjalnej pracy). Nazwa ma coraz bardziej znaczenie historyczne, gdyż coraz większa liczba fachowych periodyków zaczyna być publikowana tylko w formie online i nie ma formy drukowanej. Niemniej nazwa preprint już z nami chyba zostanie. A do wykorzystywania preprintów zaczynają się powoli przekonywać badacze także z innych dziedzin.

Szybko muszę wyjaśnić, jaki jest najczęstszy argument niekorzystania z serweru preprintów przez badaczy w dziedzinach przyrodniczych – badacze często boją się, że jeśli jakiś genialny pomysł umieszczą w preprincie, ktoś inny im go podkradnie i sam opublikuje jako własny. Rozchodzi się o walką o palmę pierwszeństwa. Czy przez wzgląd na prawa patentowe, czy przez wzgląd na żądzę publikacji w najbardziej prestiżowych pismach (które często nie pozwalały na nieoficjalną publikację wyników przez publikacją w piśmie – to się jednak obecnie bardzo szybko zmienia), czy przez wzgląd na glorię i chwałę po prostu bycia pierwszym. Ten ostatni argument wydawać się może trochę na opak, ale warto podkreślić, że serwery preprintów zwłaszcza biologicznych zaczęły być doceniane bardzo niedawno. Wcześniej umieszczenie pracy na takim serwerze było tak zauważalne na całym świecie, jak publikacja w szkolnej gazetce. Mógł to dostrzec nasz szef, czy nasz pracownik, a jeśli bardzo się chwaliliśmy to może nawet mama i tata. Ale dla reszty świata praca była niebyła.

Kilka wydawnictw i instytucji próbowało wprowadzić w biologii preprinty już na początku tego stulecia – moje uprzednie pismo, Genome Biology, próbowało tego tuż po założeniu, ale pomysł się nie przyjął, podobnie jak Nature Precedings, które zamknięto kilka lat temu. W 2013 roku jednak nowojorskie Cold Spring Harbor Laboratory otworzyło nowy serwer zapożyczające nazwę od serweru fizycznego – mając jednak na celu przyciągnięcie prac z biologii. Serwer nazywa się bioRxiv i przez pierwsze kilka lat rósł bardzo powoli.

bioRxiv_logo

 

bioRxiv mimo wszystko jednak się rozkręcał, a prawdziwego kopa dostał na początku 2016 roku, gdy rozpoczęła się inicjatywa ASAPbio, której celem jest promowanie „publikacji” w jakiejkolwiek formie (czyli w domyśle – jako preprint do czasu formalnej publikacji) wyników badań biologicznych. Na skutek apelu ASAPbio na bioRxivie zaczęły pojawiać się preprinty pochodzące z grup badaczy o bardzo znanych nazwiskach, nierzadko Noblistów. Tę zmianę nastawienia do preprintów podchwyciły media, za nimi zaś publika oraz instytucje finansujące naukę (przede wszystkich w Stanach Zjednoczonych, Wielkiej Brytanii i pozostałych krajach Unii Europejskiej).

Stany Zjednoczone i Wielka Brytania zaczęły nie tylko zachęcać do korzystania z preprintów, ale często nawet wymagać upubliczniania ich w ten sposób – te wymagania często powiązane są z finansowaniem badań, więc badacze są niejako zmuszeni do tego (jakby na to nie patrzeć korzystnego) postępowania. Podobną politykę prowadzi kilka dużych fundacji finansujących badania biologiczne i kliniczne na cały świecie – Inicjatywa Zuckerbergów, Wellcome Trust itd.

Te wydarzenia i zmiany w finansowaniu doprowadziły do dramatycznego – chociaż w skali absolutnej wciąż niewielkiego – wzrostu nie tylko zainteresowania preprintami, ale i ich użytkowania przez badaczy w naukach przyrodniczych. Nieliczni badacze traktują przynajmniej niektóre swoje prace udostępnione jako preprinty, jako wersje ostateczne – to znaczy, że nie planują publikować ich w pismach fachowych i liczą na to, że proces recenzji odbędzie się organicznie, poprzez czytelników zwracających uwagę na potencjalne błędy. Trudno powiedzieć, czy jest to droga, którą podążyć da się we wszystkich dziedzinach. Ale pomysł jest interesujący (i w czasach, gdy dalsze finansowanie badań zależy często od publikacji, także pomysł brawurowy).

Wspomniany wcześniej Jeff Leek lubi bioRxiv tak bardzo, że postanowił badaczom ułatwić jego przeglądanie i ocenianie preprintów pod kątem tego, jak bardzo czytelników interesują, tworząc aplikację Papr, którą nazwał Tinderem dla preprintów.

Przed preprintami w biologi daleka jeszcze droga do sukcesu podobnego do tego osiągniętego przez arXiv. Ja rozwój obserwuję z ciekawością, gdyż wielu badaczy wieszczy pismom naukowym ich koniec w dniu, w których naukowcy zdecydują przesiąść się całkiem na preprinty. Biorąc pod uwagę to, że powszechne stosowanie serweru arXiv nie zabiło żadnych pism fizycznych, może się okazać, że dni periodyków fachowych wcale nie są policzone – mogą one jednak zmuszone do dużych zmian w tym, jak funkcjonują, i do przedefiniowania tego, jaką rolę wypełniają w ekosystemie naukowym, aby sprostać preprintowemu wyzwaniu.

Na razie sukces preprintów jest zaś na tyle ważny, że wyróżnił się na tle wielu ciekawych odkryć naukowych, które nie dostały się do rankingu Science. Coś więc w tym koncepcie musi być inspirującego.

***

Czytelnikom zaintrygowanym tematem preprintów polecam (niestety tylko po angielsku) przewodnik do tego świata opublikowany przez Science  we wrześniu.

Reklamy

2 Comments

  1. PeerJ tego nie wymyślił, tylko zaadaptował. A PeerJ Preprints funkcjonuje jako niezależny serwer preprintów – w tym sensie, że wrzecenie manuskryptu na serwer nie oznacza jeszcze, że trzeba go publikować w PeerJ. Tylko przeniesienie z PeerJ Preprints to PeerJ do formalnej recenzji jest prostsze. Z drugiej strony – biorXiv już ma system do automatycznego składania preprintów w różnych pismach. Technologia nie jest skomplikowana – jest to kwestia budowy interfejsu między de facto serwerem ftp, na którym siedzą PDFy preprintów, a systemem zarządzania recenzją pisma chętnego do współpracy. A ponieważ rynek zdominowany jest przez 3-4 firmy dostarczające takie systemy, większość pism na świecie mogłaby bez problemu stworzyć interfejs we współpracy z bioRxivem…

    Nawiasem mówiąc, wszystkie serwery preprintowe przypisują już DOI, to jest raczej standard.

    (Literówki poprawiłem, na składnię nic już nie poradzę – nie odwrócę skutków dekady poza krajem…)

    Polubienie

  2. 1) Calkiem niezly system w tej materii wymyslili w PeerJ. Zglaszajac artykul do recenzji/publikacji tamze, mozna rowniez puscic go w ich preprint z DOI itp.

    2) Rafal, ogarnij korekte: moze to jeszcze swieta, moze pospiech, ale masz mnostwo literowek i bledow skladniowych.

    Polubienie

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Wyloguj / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Wyloguj / Zmień )

Zdjęcie na Facebooku

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Wyloguj / Zmień )

Zdjęcie na Google+

Komentujesz korzystając z konta Google+. Wyloguj / Zmień )

Connecting to %s