Odpowiedź na epidemię, jakiej nigdy nie było

Epidemia nowego koronawirusa szaleje w Chinach od dwóch miesięcy i patrząc na dane epidemiologiczne już widać, że sytuacja jest bardziej niepokojąca niż w przypadku ostatnich podobnych epidemii, które zamieniły się w pandemie – epidemia koronawirusa SARS w 2003 roku zakończyła się na nieco ponad 8 tysiącach potwierdzonych przypadków w 17 krajach i 774 zgonach. W przypadku świńskiej grypy w 2009 roku liczbę przypadków śmiertelnych szacuje się na setki tysięcy (a całkowitą liczbę przypadków na między 10 a 200 milionów), ale po pierwsze szacunki te są, jak widać, bardzo rozbieżne, a po drugie grypę też i ciężko porównywać do koronawirusa z wielu powodów.

Nowy koronawirus 2019-nCoV zaraził na dzień dzisiejszy (czwarty lutego 2020) 20630 osób (dane wg WHO), z tego znakomitą większość w Chinach. 425 przypadków śmiertelnych potwierdzono w Chinach – a jeden, wcześniej w tym tygodniu, na Filipinach.

Sytuacja rozwija się zatem dość prężnie, chociaż warto zaznaczyć, że na chwilę obecną śmiertelność jest wciąż na poziomie jednej piątej SARSa (chociaż w obecnej sytuacji to w zasadzie niewiele znaczy) i że przed wirusem nie jest trudno się bronić: wg WHO najbardziej efektywną ochroną (poza unikaniem ludzi, którzy chcieliby nam kichnąć w twarz) jest solidne, długotrwałe i częste mycie rąk.

Inny jeszcze aspekt całej sytuacji – także w kwestii prędkości reakcji – jest dość wyjątkowy. A jest to mianowicie szybkość z jaką na wybuch epidemii zareagowało środowisko naukowe, prędkość z jaką w bazie danych znalazł się zsekwencjonowany genom wirusa. Amerykańska baza danych NCBI doniosła 13 stycznia, że na jej stronach znaleźć można cały zsekwencjonowany, annotowany genom wirusa (tzn. nie tylko surowe dane, ale także ich opracowanie, które pozwolić może na analizę wirusa pod kątem na przykład tego, jakie potencjalnie leki mogłyby być stosowane w terapii). W niesamowitym tempie pojawiają się też zarówno recenzowane artykuły naukowe (zwłaszcza biorąc pod uwagę standardowe tempo recenzji; kto sam przeżył, to wie jaki to ból) jak i nierecenzowane preprinty. Według danych reporterów Nature, w zeszły czwartek było ich ponad 50.

Niestety ta szybkość publikowania informacji na temat wirusa oznacza, że gdzieś system musi popuścić. I popuścił na kontroli jakości. W zeszłym tygodniu teorie spiskowe proponujące, że wirus został wyprodukowany w jakimś laboratorium genetycznym (czy to przypadkiem, czy jako wypadek przy produkcji broni biologicznej) znalazły wsparcie w nierecenzowanym preprincie umieszczonym w serwisie bioRxiv.

Autorzy tej krótkiej pracy dokonali prostej analizy bioinformatycznej polegającej na tym, że porównali serię krótkich sekwencji DNA z genomu 2019-nCoV z bazą danych innych genomów i znaleźli kilka identycznych z sekwencjami w genomie wirusa HIV. Autorzy zasugerowali, że to te fragmenty DNA, które kodują części wirusowych białek pomagające wirusowi wnikać do komórek gospodarza, odpowiadają za skok wirusa od zwierząt do ludzi. Skutkiem ubocznym pracy było to, że – ponieważ autorzy nie znaleźli tych sekwencji w innych koronawirusach – pewne środowiska internetowe zasugerowały, że jest to znak, że wirus został stworzony w laboratorium.

Preprint szybko ściągnął krytyków – i dla osób, które temat rozumieją trochę lepiej z technicznego punktu widzenia dyskusja pod preprintem warta jest poczytania: afera zaczęła się od komentarza Jasona Weira. Wersja skrócona jest taka: wynik pracy z naukowego punktu widzenia był bezsensowny, bo sekwencje, które autorzy badali, były tak krótkie, że przez przypadek mogliby je znaleźć w tysiącach innych organizmów (gdyby im się chciało analizę poszerzyć). Autorzy przyznali już, że był to ich błąd i preprint został wycofany, ale ile szkody narobił dodając paliwa do ognia głupich teorii, tyle już jesteśmy stratni.

Ten kazus przyciągnął też od razu rzesze krytyków, którzy od lat tępią preprinty, jako niepotwierdzone (w domyśle: przez proces naukowej recenzji) doniesienia, które nie zostały jeszcze zweryfikowane przez fachowców. To podejście niestety nadaje recenzji naukowej status boski, nie biorąc pod uwagę tego, że jest on bardzo daleki od ideału, często wadliwy i w zasadzie niemal całkiem losowy.

No i jakby po to, żeby zademonstrować światu, jak bardzo recenzja nie ma znaczenia, bo pisma naukowe, jak będą chciały, to mogą opublikować szybko bubla tylko po to, żeby móc powiedzieć, że były pierwsze (prawda jest taka, że w tym wiele periodyków fachowych ledwie różni się od tabloidów), w zeszłym tygodniu prestiżowy ponoć The New England Journal of Medicine opublikował list do redakcji oparty na danych od pierwszych pacjentów niemieckich: w tym przypadku pacjent zero zarazić się miał od asymptomatycznej chorej z Chin w trakcie spotkania biznesowego.

Główne przesłanie: koronawirus produkuje chorych asymptomatycznych, co oznacza, że miliony ludzi mogą już chodzić po Ziemi, nie wiedząc nawet, że sieją zaraza wszerz i wzdłuż. Możnaby się spodziewać, że sprzedaż masek medycznych wzrośnie po tym donosie tysiąckrotnie (i kto wie, może wzrosła).

Od razu czytelnikom powinno jednak było dać do myślenia to, że pismo, które ponoć publikuje prace recenzowane przez fachowców, dało radę opublikować tę pracę 30 stycznia (w zeszły czwartek), pomimo tego, że we wtorek, czyli zaledwie dwa dni wcześniej, wciąż trwało badanie próbek części pacjentów opisanych w liście. Nawet zakładając, że ani autorzy, ani redakcja, ani recenzenci nie śpią w ogóle, tempo publikacji było piorunujące.

Dzisiaj jednak Science doniosło, że praca nie była poprawna. Przede wszystkim autorzy listu nie rozmawiali z, ani sami nie zbadali chińskiej bizneswoman. Informację, że nie okazywała żadnych objawów, uzyskali od pozostałych pacjentów, którzy byli z nią w kontakcie. Czyli: jedna baba drugiej babie. Publikacja zaniepokoiła jednak władze niemieckie na tyle, że ktoś się w końcu porwał za telefon i zadzwonił do delikwentki – tyleż sprawdzania faktów (które zajęłoby pismu pewnie ze trzy minuty) wystarczyło, aby potwierdzić, że chińska pacjentka miała już objawy w trakcie wizyty w Niemczech.

Wniosek? Na pewno nie taki, że nie możemy ufać wszystkim pracom na temat koronawirusa. Znakomita większość będzie solidna, a to, że informacja upubliczniania jest niemalże w czasie rzeczywistym, jest unikalna – chociaż ogłoszenie Wellcome Trust i grupy wydawnictw w zeszły piątek wspierające szybsze i łatwiejsze rozpowszechnianie wyników naukowych w okresach epidemii obiecuje, że chociaż inicjatywa ta zainspirowana jest obecną sytuacją, na podobne wsparcie ze strony wydawnictw liczyć będziemy mogli też w przyszłości.

Natomiast warto jednak pamiętać, zwłaszcza zanim zaczniemy kolportować na prawo i lewo kolejną historię spiskową, że informacje te upubliczniane są po to, aby ludzie, którzy mają wystarczające doświadczenie, żeby ocenić jej poprawność i użyteczność, mogli wcześniej zrobić z niej użytek nie czekając pięć lat, aż praca się wreszcie ukaże. Nie wszyscy jednak takie doświadczenie mamy. Nawet więcej – znakomita większość z nas (wliczając niżej podpisanego) takiego doświadczenia nie ma, więc nie powinniśmy podchodzić do takich prac z nastawieniem, że jeśli potrafimy tekst przeczytać, to od razu oznacza, że możemy go też zrozumieć.

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Wyloguj /  Zmień )

Zdjęcie na Google

Komentujesz korzystając z konta Google. Wyloguj /  Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Wyloguj /  Zmień )

Zdjęcie na Facebooku

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Wyloguj /  Zmień )

Połączenie z %s